Dell’anno di edificazione non si può avere certezza, ma piuttosto ipotesi, i resti longobardi e romani ritrovati nei campi circostanti e in alcune parti della chiesa, facciata e cripta, fanno supporre, come già detto, un precedente luogo di culto, forse convertito da pagano a cristiano, o forse semplicemente un’edicola sepolcrale su cui si sia poi eretta la chiesa.
Don Trecca riporta anche una leggenda che vedrebbe l’origine della chiesa legata ad un miracolo della Madonna in seguito al quale sarebbe stato edificato il muro dell’affresco e poi la cripta, e sopra di essa, forse negli anni, sarebbe stata eretta l’attuale chiesa.
Ma l’unico indizio di una probabile data di costruzione è quello dell’iscrizione posta su una pietra angolare nella parte nord-est dell’edificio. L’incisione si rifà ad una probabile commissione della contessa Matilde di Canossa, e data la chiesa nel 1117, ovvero due anni dopo la morte di quest’ultima. Nonostante la critica abbia cercato di accertare, confermare e talvolta confutare tale tesi, non vi è ancora chiarezza a riguardo.
E’ indubbio comunque, che la sua origine non fosse legata alle sorti di chiesa parrocchiale, e forse proprio questo particolare le avrebbe permesso di sopravvivere per lungo tempo. Si ipotizza infatti che sia stata eretta su terreno regio, o fiscale, cioè su un terreno pubblico.
Nel 1460 in una relazione riguardante una visita pastorale, si accenna ai territori di San Salvaro. E nel 1576 la chiesa e i chierici vantano possedimenti presso San Pietro, tra questi risultava anche San Salvaro.
In quegli anni sembra che la chiesa fosse abitata o da un custode, o da un cappellano, ma nel 1592 vi è l’edificazione della casa attigua, probabilmente per opera della Compagnia di San Salvaro, alla quale ora risultavano appartenere i beni della chiesa.
La presenza della Confraternita sembra esser stato motivo di ‘salvezza ‘ per questo luogo di culto: per ben 200-300 anni (dalla seconda metà del XV secolo agli inizi del XIX secolo) la compagnia operò in quel luogo, assicurandone una certa manutenzione e cura.
Il quadro della Madonna di San Salvaro, prima detta della Misericordia, risulta affrescato nel XIV secolo e ‘in atto di stender le palme, e accogliere sotto il suo manto quattro disciplinanti, inginocchiati con i flagelli e le croci, supplici ai suoi piedi. Questo fatto ha convinto per molto tempo studiosi di storia locale della possibile presenza di un gruppo di disciplinanti attivi presso la chiesa, anche Legnago nello stesso periodo ha in paese un movimento di questo tipo. In realtà non si hanno fonti che indichino la presenza di disciplinanti presso San Salvaro.
Da quanto riportato da don Trecca, la chiesa fu ‘manomessa’ almeno due volte in maniera piuttosto ‘grave’.
Nel 1600 si attuano alcune modifiche all’edificio, negli interni e negli esterni. Ed è ancora don Trecca, infatti, che informa dell’avvenuta costruzione del campanile, prima inesistente, inserito nel 1610 nella facciata di sinistra; il campanile, pur essendo di grande utilità, risultava occupare oltre, a gran parte della facciata, anche molto spazio all’interno della chiesa. Per questo motivo, forse, don Trecca nei suoi restauri del primo Novecento, decise di abbatterlo.
Durante il ‘700 risulta deturpata nella semplicità delle sue linee. Le manomissioni dell’era barocca hanno il sopravvento. E’ del 1711 la notizia di alcune modifiche apportate: il rifacimento dell’altar maggiore e una nuova statua del Salvatore. Purtroppo però pare che, sempre in questo secolo, le venissero chiuse le porte e le finestre, lasciando l’edificio inutilizzato fino all’invasione austriaca. Infatti nell’800, la chiesa rischiò almeno due volte di essere demolita, poi di essere venduta assieme alla casa e ai campi.
Del 1885 si ricordano i restauri, descritti dal Trecca come l’ultima ‘manomissione’ o ‘il colpo di grazia’. Molto probabilmente si pensò di fare del ‘bene’ all’edificio, ma i nuovi intonachi sui muri e l’apertura di una finestra laterale, estinsero definitivamente alcuni affreschi.
